Não são ainda conhecidas todas as doenças que atacam os rebanhos de avestruzes, portanto como são aves, estão susceptíveis às mesmas doenças que acometem os criatórios de aves domésticas. As diversas enfermidades se manifestam a partir do momento que começamos a criar muitos animais confinados num espaço reduzido. Como já dito antes, o avestruz comercial (African Black) ainda guarda muitas das características das subespécies selvagens, sendo estas mais resistentes em seu ambiente natural.

Os avestruzes são considerados animais fortes e saudáveis, e permanecem assim desde que as condições de higiene, o manejo e a nutrição se mantenham prudentes, desta maneira, as enfermidades que por ventura acometerem o rebanho poderão ser tratadas desde que sejam conhecidos a anatomia, a fisiologia, a posologia específica das drogas para avestruzes e os requerimentos energéticos de sua dieta. As principais enfermidades são as infecciosas e as causadas por deficiência nutricional, sendo que os ovos e os filhotes de até três meses são os mais prejudicados por contaminação (no caso dos ovos), diarréia causada por infecção bacteriana, infecção e má absorção do saco vitelínico, e impactação do proventrículo e ventrículo.

Entre as diversas enfermidades infecciosas, podemos considerar aquelas causadas por bactérias, vírus, fungos, protozoários e parasitas. O trato digestivo é o sistema mais comumente afetado pelas bactérias patogênicas, sendo que o hábito de ingerir fezes e a lotação de piquetes contribui para a disseminação mesmo que apenas uma ave esteja infectada. Em situação de subnutrição ou estresse pode ocorrer contaminação por fungos, sendo que sua ocorrência está mais relacionada aos filhotes e problemas sanitários, tornando os animais imunodeprimidos e susceptíveis a infecções oportunistas. As doenças virais são transmitidas por animais vindos de criatórios não idôneos ou por aves de outras espécies, principalmente galinhas.

Uma ave saudável apresenta o pescoço sempre ereto e olhar atento; está sempre elegantemente em movimento, ora comendo no cocho, ora pastando, ou simplesmente averiguando seu território; permanece sempre em grupos; é muito curiosa; apresenta uma plumagem exuberante, macia e brilhante; sua urina deve ser clara e líquida, e suas fezes devem ser firmes e escuras. Qualquer alteração deste estado deve ser observado, principalmente, o estado das excretas e o fato de que aves enfermas perdem o apetite, além de adotarem uma atitude prostrada e submissa, se afastando do grupo.

Devemos ressaltar, entretanto, que além de todas estas considerações é indispensável a presença de um profissional competente, no caso, um médico veterinário, para diagnosticar as doenças e administrar o tratamento adequado, com medicamentos e dosagens específicas para avestruzes; deste modo, se obtém um melhor resultado na recuperação e conseqüentemente, menores perdas no rebanho.