Qualquer enfermidade é causada por um elemento estranho que afeta as funções normais de um corpo saudável, sendo que o grau de deterioração causado é que determina a severidade de uma infestação. A maioria das enfermidades que acometem avestruzes se proliferam em situação de estresse ou em condições inadequadas de manejo e higiene. Portanto, é imprescindível que saibamos prevenir as doenças para que minimizemos os gastos com tratamentos caros e as perdas resultantes da diminuição de produção e da morte dos animais. Para que essa prevenção seja bem sucedida devemos conhecer os hábitos do animal, e conhecer também aqueles que cuidam dele, ou seja, os tratadores.

Sabemos que muitos dos patógenos que acometem avestruzes são comuns em animais domesticados, principalmente aves, e sabemos também como estes patógenos se alastram no ambiente através do ar, do solo, da água, de alimentos contaminados, transportes, e através do corpo humano. Desta maneira podemos delinear medidas de manejo sanitário diárias que manterão a sanidade do rebanho e das pessoas.

Algumas medidas são importantes antes de se iniciar uma criação de avestruzes como por exemplo, a exclusão rígida de todas as aves domésticas e de estimação; não instalar o criatório em extintas instalações de frangos ou próximo de granjas; e restringir ao mínimo possível os mamíferos domésticos como cães e gatos, pois estes podem estressar os animais ou até mesmo carrear algumas doenças.

Os veículos que transitam pelo criatório são uma forma de introdução de agentes patógenos, assim como os objetos e os equipamentos, portanto deve-se estabelecer uma rotina de desinfecção através do uso de desinfetantes específicos para uso veterinário. Da mesma maneira deve-se recorrer ao controle de movimentos humanos dentro das instalações restringindo os funcionários para determinada categoria de animais, ou, determinando um fluxo de manejo, além da utilização de macacões e botas de borracha por toda equipe e a instalação de pedilúvios. A limpeza e desinfecção de galpões onde se alojam muitos filhotes e do incubatório deve ser diário, e os piquetes de animais mais velhos devem ser apenas inspecionados diariamente, observando sobras de alimento e corpos estranhos ao piquete. Finalmente, para evitar a entrada de doenças exóticas na criação devemos recorrer a quarentena, que é o isolamento dos animais importados ou provenientes de outros criatórios. Os animais devem ficar separados por um período mínimo de 4 semanas para que sejam feitos testes para detecção de doenças incubadas (Newcastle, Mycoplasma, Salmonela), e também para que haja possibilidade de um acompanhamento comportamental e visual do estado geral dos animais.

Além destes cuidados, não é recomendado a criação de animais de várias idades num mesmo criatório, mas no Brasil a maioria dos produtores criam o ciclo completo, ou seja, dos filhotes até as matrizes. Deste modo, é recomendado que se divida a propriedade em categorias distantes umas das outras e que estas sejam isoladas por cercas vivas e pedilúvios.